研究结果发现，在豆粕和发酵豆粕中，6种抗营养因子含量排序均为大豆球蛋白＞β-伴大豆球蛋白＞胰蛋白酶抑制因子＞水苏糖＞棉籽糖＞脲酶。有研究表明，仔猪肠道对日粮抗原过敏，从而导致肠道损伤，是仔猪断奶后腹泻和生长发育受阻的一项主要原因。
胰蛋白酶抑制因子的抗营养作用主要表现在抑制动物生长，降低胰蛋白酶、胰凝乳蛋白酶活性，影响营养物质的消化，并造成胰腺肿大等方面，但目前豆粕的质量评价只通过测定脲酶活性间接反映胰蛋白酶抑制因子的含量，但脲酶活性是豆粕中起最低抗营养作用的因素且在发酵过程中脲酶可基本全部降解，不能准确反映胰蛋白酶抑制因子钝化情况。
过量的大豆寡糖，易引起动物腹鸣、腹胀、腹泻，虽然含量低于前3个抗营养因子，但其抗营养效应显著为保证动物健康。综上，有必要对这6种抗营养因子进行钝化并对其含量进行测定。
在饲料中高量使用豆粕会有一定的副作用，当饲料中豆粕的使用量高到一定程度后，会导致饲料效果显着性下降，甚至会导致肠道粘膜损伤。
大豆里含有一种多肽成分可以和肠道里面的胆酸结合，跟胆汁酸结合之后胆汁酸就随着粪便排出体外了。而消化作用需要胆汁酸，于是动物就利用胆固醇为原料不断地合成胆汁酸，这种作用原理，在人类食品中，这会使人体的胆固醇大量用于合成胆汁酸而降低体内胆固醇量，起减肥的作用。但动物不同，动物需要胆酸循环才能保肝、保肠，胆酸的大量流失，导致胆汁酸的不足，会引起肠道损伤，所以要减少豆粕的使用。添加保肝护胆类添加剂（如胆汁酸类）可以预防或减少肝胆综合症带来的动物养殖损失。
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