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王一
近十年间,随着测序成本的降低和数据质量的提高,RNA-seq已经成为研究基因表达常用手段。截至年,对于主要作物,如玉米、水稻、大豆、小麦和棉花,公共数据中RNA-seq的文库数量以指数速度已增加到~45,个。目前已有一些相关的数据库,但现存的数据库通常对不同的实验项目产生的数据分别进行定量处理,使用不同的分析流程和不同版本的基因组和注释文件,所以难以直接比较它们之间的表达水平。为了解决这一挑战,充分利用公共RNA-seq文库,迫切需要通过统一的处理流程分析所有公开可用的文库数据,并将它们整合到一个易于使用的数据库中。
年2月26日,南方科技大学生物系植物与食品研究所翟继先课题组在国际知名学术期刊PlantBiotechnologyJournal在线发表了可以方便快速查询~45,个植物公共RNA-seq文库的在线资源,论文题为“PPRD:a